Operacijske sobe morajo biti strogo razdeljene na prepovedana območja (sterilne operacijske sobe), pol-prepovedana območja (kontaminirane operacijske sobe) in neomejena območja. Obstajata dve zasnovi za ločevanje teh treh območij: ena je postavitev zaprtih in pol-prepovedanih območij v različna nadstropja, kar omogoča temeljito higiensko izolacijo, vendar zahteva dva niza objektov, poveča število osebja in je neprimerno za upravljanje; drugi pa je, da imajo območja z omejenimi in neomejenimi prostori v različnih delih istega nadstropja, s pol-zaprtim območjem vmes, kjer si delijo opremo. Ta oblika je bolj priročna za upravljanje.
Prepovedana območja vključujejo sterilne operacijske sobe, stranišča, sterilne sobe in prostore za shranjevanje zdravil. Pol-prepovedana območja vključujejo nujne ali kontaminirane operacijske sobe, prostore za pripravo instrumentov in prevez, prostore za pripravo anestezije in prostore za sterilizacijo. Neomejena območja vključujejo garderobe, mavčarne, sobe za vzorce, sobe za odlaganje odpadkov, sobe za okrevanje po anesteziji, pisarne medicinskih sester, sobe za počitek osebja, jedilnico in sobo za počitek za družine kirurških bolnikov. Dežurna soba in pisarne medicinskih sester naj bodo blizu vhoda.